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北京大學醫學部有基礎醫學院、藥學院、公共衛生學院、護理學院、公共教學部、第一臨床醫學院(北大醫院)、第二臨床醫學院(人民醫院)、第三臨床醫學院(北醫三院)、口腔醫學院、臨床腫瘤學院(腫瘤醫院)、精神衛生研究所(北醫六院)、北京大學深圳醫院、北京大學首鋼醫院、醫學網絡教育學院。另外，北京積水潭醫院、北京醫院、中日友好醫院、北京世紀壇醫院、中國航天中心醫院、回龍觀醫院、中國民用航空總醫院、首都兒科研究所、北京地壇醫院、中國人民解放軍302、306醫院、京煤集團總醫院、北京仁和醫院也是醫學部的臨床醫學院或教學醫院。醫學部內擁有教學樓、實驗樓、圖書館、藥學樓、公共衛生樓、醫藥分析中心、信息中心、電化教育中心、實驗動物部、檔案館、出版社、體育館等裝備精良的教學、科研設施。

北京大學醫學部學科齊全。截至2007年，醫學部評估通過的重點學科包括生理學、神經生物學、細胞生物學、生物化學與分子生物學、免疫學、病理學與病理生理學、內科學(心血管病)、內科學(血液病)、內科學(腎病)、兒科學、精神病與精神衛生學、皮膚病與性病學、外科學(骨外)、外科學(泌尿外)、婦產科學、眼科學、腫瘤學、運動醫學、口腔臨床醫學、口腔基礎醫學、流行病與衛生統計學、藥物化學、生藥學、藥理學等24個。

醫學部有1個國家級重點實驗室，11個省(部)級重點實驗室。在全國醫學院校中連續十余年獲國家自然科學基金第一名，完成科研課題和所獲各類科研基金以及在SCI及國內刊物上發表論文數量均名列全國醫學院校首位。北京大學醫學部與世界衛生組織(WHO)、聯合國兒童基金會(UNICEF)、美國疾病控制中心、美國中華醫學基金會(CMB)等國際組織保持著良好的合作關系，并與十幾個國家和地區的20多所大學建立了良好的校際交流關系，先后聘請了70位世界著名學者為客座教授、名譽教授，其中3位是諾貝爾獎獲得者。